Zabieg implantacji balonu przeprowadzany jest w analgosedacji, tj. krótkotrwałym znieczuleniu ogólnym. Procedura trwa zazwyczaj 15-20 minut i po krótkiej (1-2 godz.) obserwacji pacjent jest wypisywany do domu.
Pusty balon połączony z systemem implantacyjnym wprowadza się przez usta pod kontrolą endoskopu do żołądka, po czym napełnia się go roztworem soli fizjologicznej z dodatkiem barwnika (błękitu metylenowego) do objętości 450 – 700 ml. Następnie usuwa się system wprowadzający oraz, po potwierdzeniu odpowiedniego umiejscowienia balonu, endoskop.
Błękitny barwnik dodawany jest w celu wykrycia ewentualnej nieszczelności balonu. Zdarza się to niezwykle rzadko, jednak, jeżeli nieszczelność się pojawi, pacjent zauważy zmianę zabarwienia moczu na zielonkawy. Koniecznie należy wtedy zgłosić się do lekarza prowadzącego.
Przez pierwsze kilka dni po zabiegu pacjent może odczuwać dyskomfort oraz objawy takie jak uczucie pełności w nadbrzuszu, nudności, wymioty czy wzdęcia. Są to typowe dolegliwości, które można kontrolować za pomocą przepisanych leków. Natomiast po kilku dniach, w momencie, gdy żołądek przyzwyczai się do obecności balonu, całkowicie ustępują.
Procedura usunięcia balonu przebiega podobnie jak jego założenie. Również jest wykonywana w analgosedacji i trwa kilkanaście minut, a balon, po jego opróżnieniu z płynu, pod kontrolą endoskopu i przy użyciu odpowiedniego oprzyrządowania jest usuwany przez usta, podczas gdy pacjent jest pod wpływem środków znieczulających. W ciągu kilku godzin po zabiegu pacjent może wrócić do domu. Zazwyczaj pacjenci po zabiegu usuwania balonu nie potrzebują korzystać z dni wolnych od pracy.